O estado do Rio de Janeiro há décadas enfrenta um problema ambiental que vai muito além da limpeza dos rios e da Baía de Guanabara. O tratamento de saneamento básico no estado é considerado incompatível com o tamanho da população fluminense. Falta investimento para reverter este drama ambiental, que teve origem na segunda metade do século passado.

Entre as principais fontes de poluição da baía estão o derramamento de óleo e petróleo de navios que estão nos estaleiros e no porto, variados elementos químicos de empresas industriais, e principalmente a alta quantidade de esgoto e lixo da população que são levados sem tratamento pelos rios afluentes até a Baía de Guanabara.

Segundo a ONG Baía Viva, cerca de 50 bilhões de reais são perdidos todos os anos por conta da poluição na Baía de Guanabara. Os cálculos consideram a queda no turismo, os gastos com saúde por conta de doenças relacionadas à poluição das águas, e ainda os gastos com a má mobilidade urbana, tendo em vista que se os rios afluentes à Baía fossem limpos e navegáveis, poderia haver um transporte fluvial satisfatório às necessidades da população fluminense.